Генерируем приватный ключ и файл запроса:
openssl req -new -newkey rsa:1024 -nodes -keyout web-srv.req -out web-srv.key -subj "/CN=web.miko.ru/OU=miko.ru/O=MIKO/C=RU/ST=Russia/L=Zelenograd"
Согласно инструкции по ссылке http://www.alsigned.ru/?p=2142
Генерируем сертификат.
Конвертируем сертификат certnew.cer в pem формат.
openssl -in certnew.cer -inform DER -x509 -out web-srv.pem -outform PEM
Объединяем 2 файла в один.
cat web-srv.key web-srv.pem > ssl.pem
Сертификат готов.